火遍科研圈的Dr. Tom家族成员大盘点，你知道几个？

 

科技君

火遍科研圈的Dr. Tom家族成员大盘点，你知道几个？

26分钟前

奋笔疾书的小李，梅西头号球迷Allen，努力科研的小张，埋头解离的小王

奋笔疾书的小李：厉害了，YYDS！

努力科研的小张：哇，这下数据处理不用愁了~

梅西头号球迷Allen：这六个我居然都知道🤔

转眼来到了2022年年末，Dr. Tom多组学数据挖掘系统已经伴随大家走过了第4个年头。4年来，我们收获了来自全球近20,000名用户，超过130篇文章使用Dr. Tom系统进行数据挖掘，累计影响因子900+。正是因为有了这么多科研工作者的支持与反馈，Dr. Tom才能不断推陈出新，在无数次的更新优化中，变成更强大、更符合用户需求的科研工具。

随着今年Dr. Tom+宏基因组及Dr. Tom+代谢组产品的推出，Dr. Tom目前已经可以支持六大类产品的数据交付及挖掘！这也让越来越多零信息分析基础的生信小伙伴，迅速进阶为数据处理大师。今天，科技君带大家速览Dr. Tom是如何让数据挖掘变得更方便、更高效。

01

Bulk RNA

丰富的数据库注释信息

Dr. Tom整合了多种常用数据库的信息，如正版版权KEGG、GO、Pfam、UniProt、ARCHS4、TCGA等，方便客户直接在Dr. Tom中获取相应数据库的注释信息，并可在系统上通过表格筛选快速地定位到具有某种功能或某种特性的基因。

分析小工具助力个性化分析及数据挖掘

除了常规交付的内容外，大家一定经常碰到需要个性化处理的情况。

举个经典的例子，当组别中有一个离群样本，我们希望剔除这个样本再进行差异分析，对得到差异基因进行KEGG富集分析，找到富集的通路。有了Dr. Tom，这些个性化需求以及后续的数据挖掘，都可以通过分析小工具快速实现。

操作示图（滑动查看）

RNA间关联关系一键调出

lncRNA、miRNA等非编码RNA对基因表达的调控作用是不可忽视的。Dr. Tom能够提供与关注的mRNA有靶向关系的miRNA、在位置上相近的mRNA/lncRNA/miRNA、有PPI（蛋白-蛋白相互作用）关系的基因等，并可通过网络图等工具进行可视化展示，方便客户进行多组学数据分析循环挖掘。

支持外部数据上传分析

即使用户没有在华大科技进行测序，Dr. Tom也支持用户上传自有基因/转录本表达量数据，填写分析方案后同样可以获得差异基因、基因注释等分析结果表格及图表，并使用系统进行进一步的数据挖掘。

02

单细胞RNA

细胞-基因信息一键转换

单细胞层面的RNA-Seq，细胞维度和基因维度的信息都是我们需要关注的。在Dr. Tom上，通过转换工具可以一键调出细胞中表达的所有基因，反之，也可以调出表达了特定基因的细胞，并对关注的基因/细胞进行后续的分析。

支持细胞二次聚类及注释

细胞的聚类及注释是个复杂的过程，往往需要寻找合适的软件及参数，并结合实际的研究背景和经验，才能得到更符合实际情况的结果。Dr. Tom配备了相应工具，支持对选定的细胞进行个性化聚类、注释，相应的软件和参数也可进行调整。

03

全基因组甲基化

DMR区域全方位注释及深入比较分析

差异甲基化区域（DMR）的研究和注释信息是甲基化分析的重点，Dr. Tom系统在这一点上提供了非常多的可查看信息，包括DMR的鉴定/分布统计/基因组详细位点标识/胞嘧啶类型/所在元件类型及其位置前后基因/转录本的详细注释。对于DMR区域内的基因及转录本也可以在系统表格中进行扩展和关联转换，并提供包括KEGG/GO在内超过20个数据库的详细注释。

操作示图（滑动查看）

可实现甲基化-转录组多组学关联分析

Dr. Tom系统中构建了完善的物种基因/转录本和基因组位置的详细数据库。通过自定义上传DMR及RNA的表达情况，可以实现甲基化-转录组多组学关联分析。

04

宏基因组

云平台分析，缩短项目周期

通常项目样本较多，数据量大时，分析十分耗时。我们将宏基因组的流程搭载在云上，百余个样本仅需3天即可将所有的分析结果交付到客户手上。

支持填写3套分析方案

对于一个项目，用户可填写3套分析方案，并获得完整的分析报告及图表结果。

自定义绘图，满足期刊要求

支持图片字体、字号、颜色等参数修改，更提供满足期刊要求的配色方案供客户选择。绘制的图片提供JPG、PNG、PDF、SVG等多种格式图片的下载。

05

蛋白质组

提供全面分析内容，轻松发文

差异蛋白检测是蛋白质组分析中最为核心的信息。按照经典的分析逻辑，Dr. Tom提供差异蛋白统计、差异蛋白注释及差异蛋白互作网络图，帮助用户快速定位关键差异蛋白信息。辅以参数调整及多种小工具，进一步进行多组学数据挖掘。

可实现蛋白质组-转录组多组学关联分析

通过自定义上传蛋白定量及RNA表达情况，并通过Dr. Tom数据库中蛋白与基因的对应关系，方便地实现蛋白质组-转录组多组学关联分析。

06

代谢组

完善的分析内容

Dr. Tom+代谢组提供了完善的分析内容，包含了代谢物鉴定、差异代谢物的筛选及各种形式的差异代谢物可视化。

交互式设计，支持自定义绘图

通过图表交互的设计，用户可一键选择所关注的代谢物，通过系统上的分析工具自行绘制聚类热图、PCA、箱线图及富集气泡图。

操作示图（滑动查看）

零基础做生信，轻松get数据挖掘

Dr. Tom系统的强大远不止以上总结的几点，感兴趣的老师可以在https://biosys.bgi.com注册账号，使用系统中的Demo数据玩转Dr. Tom！

明年Dr. Tom又会带来什么新功能呢？让我们拭目以待！

供稿：鱼

编辑：市场部

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